یک سیستم اتوماسیون اداری از بخش‌ها و ماژول‌های مختلفی تشکیل شده است. همانطور که در بالا نیز اشاره شد، امروزه سیستم‌های اتوماسیون اداری تکامل یافته‌اند و طیف وسیعی از فعالیت‌های سازمانی و برون سازمانی را پوشش می‌دهند و به همین دلیل شامل ماژول‌های متنوعی است که هر کدام بخش‌هایی از فرایند‌ها یا فعالیت‌های یک سازمان را در برمی‌گیرند.
دبیرخانه
اصلی‌ترین بخش یک سیستم اتوماسیون اداری بخش مربوط به عملیات نرم افزار دبیرخانه شامل فرایندهای ثبت نامه، ارجاع، کارتابل پرسنل و بایگانی است. این بخش هسته‌ی اولیه و اساسی این سیستم‌ها است.
در این بخش عملیات‌های مختلفی از اسکن، ورود اطلاعات، ثبت اندیکاتور، توزیع و پیگیری چرخه نامه‌های دریافتی تا تهیه‌ی پیش‌نویس، گردش، امضاء، ثبت و چاپ نامه‌های ارسالی انجام می‌شود. در این بخش از اتوماسیون اداری، از ابزارهای ورودی و خروجی متعددی مانند اسکنر، چاپگر، قلم نوری، فکس مودم، ایمیل سرور و غیره استفاده می‌شود.
فرم‌ساز و موتور گردش فرم
نامه‌ها، تنها مستندات یک سازمان نیستند و برخی از مکاتبات سازمان‌ها در قالب فرم‌های اداری و با جریان کاری معینی در سازمان گردش پیدا می‌کنند. به همین دلیل بخش دیگری به سیستم‌های اتوماسیون اداری اضافه شده که به نام «فرم‌ساز و موتور گردش فرم» شناخته می‌شود.
این بخش وظیفه‌ی طراحی انواع فرم‌های سازمانی و گردش آن‌ها را در قالب جریان‌های کاری از پیش تعریف شده دارد. ثبت، نگهداری و بازیابی اطلاعات این فرم‌ها به طور کامل در سیستم اتوماسیون اداری مدیریت می‌شوند.
مدیریت جلسات و ساماندهی
برنامه‌ریزی جلسات، قرارهای کاری، پیگیری و مدیریت آن‌ها و نگهداری مستندات مربوط به آن‌ها از جمله مهم‌ترین بخش کارهای اداری یک سازمان به شمار می‌آید و زمان زیادی را نیز به خود اختصاص می‌دهد.
یکی از بخش‌های اتوماسیون اداری به تنظیم، ثبت و نگهداری، برگزاری و پیگیری جلسات و مستندات آن‌ها اختصاص می‌یابد. این بخش معمولا شامل تقویم کاری، مدیریت جلسات و قرارهای کاری، مدیریت فعالیت‌ها و پروژه‌ها و غیره است.
آرشیو الکترونیک
با گذشت زمان و افزایش تعداد و حجم مستندات در سازمان، نیاز به ابزاری جهت آرشیو و بایگانی آن‌ها وجود دارد. بسیاری از سیستم‌های اتوماسیون اداری بخشی را نیز به عنوان آرشیو الکترونیک و مدیریت مستندات دارند که علاوه بر نگهداری و دسته‌بندی اسناد سازمانی، امکان جستجو و دستیابی سریع و آسان را نیز فراهم می‌کنند.
پرتال مکاتبات برون سازمانی
فراهم آمدن بسترهای جدید ارتباطی بر مبنای شبکه‌های کامپیوتری، موجب شده دولت‌ها و سازمان‌ها به منظور کاهش هزینه‌های ایاب و ذهاب و افزایش رضایت‌مندی و تسریع در ارائه‌ی خدمت به ارباب رجوع، امکان ارسال و پیگیری درخواست و کارهای اداری در محیط خارج از سازمان را یک الزام بدانند.
برای پاسخ به این الزام سازمان‌ها و در راستای طرح تکریم ارباب رجوع بخش پرتال برون سازمانی نیز امروزه به سیستم‌های اتوماسیون اداری اضافه شده تا امکان ردگیری مکاتبات را در خارج از سازمان و برای کاربران برون سازمانی فراهم کند.
کارتابل آفلاین
اتوماسیون اداری با توجه به پراکندگی جغرافیایی سازمان‌ها و نوع دسترسی به آن‌ها تنوع یافته‌اند. برخی از آن‌ها در شبکه محلی قابل دسترس هستند و برخی دیگر نرم‌افزار اتوماسیون تحت وب هستند.
در سیستم اتوماسیون اداری تحت وب برای قسمت‌هایی از نرم‌افزار که اهمیت ویژه‌ای دارند نوع آفلاین نیز در نظر گرفته می‌شود تا در شرایطی که دسترسی به اینترنت با سرعت مطلوب امکانپذیر نیست بتوان به صورت غیر برخط به اطلاعات دست یافت.
از جمله‌ی آن‌ها می‌توان به کارتابل آفلاین اشاره کرد. شما به عنوان مدیر یک سازمان میتوانید کارتابل خود را در هر نقطه جغرافیایی مرور کرده و امور مربوط به نامه‌ها را انجام دهید و در اولین برقراری ارتباط با سیستم آن‌ها را به‌روز کنید.
بخش‌های دیگری نیز به تدریج به سیستم‌های اتوماسیون اداری اضافه شده که هر کدام از آن‌ها جهت افزایش مکانیزاسیون کار‌ها در سازمان و تسهیل ارائه‌ی خدمات درون و برون سازمانی ایجاد شده‌اند:
صندوق پیام
سامانه ارسال پیام کوتاه
سامانه ارسال و دریافت فکس و پست الکترونیک
گزارش‌ساز